Die Bürgerstiftung unterliegt einer internen und einer externen Überwachung.

Gemäß den gesetzlichen Vorgaben hat die Stiftung einen Vorstand. Dieser ist der gesetzliche Vertreter der Stiftung. Die Mainzer Bürgerstiftung hat neben dem Vorstand einen Beirat als Kontrollorgan.

Extern erfolgt die Überwachung durch Stiftungsaufsicht und Finanzamt.